Ein bisschen lang, aber definitiv lesenswert! geteilt von jemandem auf Etoro, der als Laborleiter arbeitet und seit über 5 Jahren Erfahrungen mit Bionano aus erster Hand hat.
In der Genomik (oder Next Generation Sequencing) gibt es bisher drei Hauptakteure in diesem Bereich. Der erste ist der Big Player Illumina. Sie bieten Methoden zur 'short read' Sequenzierung mit einer maximalen Länge von 600 Basenpaaren (Bausteine der DNA) an. Das ist für viele Fragestellungen ausreichend, hat aber seine Grenzen für die Sequenzierung und vor allem die Assemblierung eines Genoms. Stellen Sie sich vor, dass Ihr Genom aus vielen sich wiederholenden Abschnitten der Bausteine besteht. Wenn diese länger als 600 bp sind, haben Sie absolut keine Chance, herauszufinden, wie sie angeordnet sind und wie viele es davon gibt. An dieser Stelle kommt die Sequenzierung der dritten Generation ins Spiel ("Long Read Sequencing"). Zwei Hauptakteure sind auf dem Markt. Der erste ist Pacific Biosciences. Sie haben 2019 eine neue Technologie und eine neue Maschine herausgebracht (SequelII und HiFi reads). Damit sind sie in der Lage, Assemblies von ca. 30 Megabasen = 30 Millionen Basenpaaren zu machen. Menschliche Chromosomen (die Untereinheiten des Genoms) sind jedoch 250 Millionen Basenpaare, so dass Sie selbst mit PacBio nicht in der Lage sind, ein komplettes Chromosom zu sequenzieren. Der andere große Player im Long-Read-Geschäft ist Oxford Nanopore. Ich möchte nicht ins Detail gehen, aber sie haben eine andere Technik (die auch sehr vielversprechend ist), aber sie sind derzeit nicht so genau wie PacBio...vielleicht in 2-3 Jahren. Außerdem haben sie andere Vorteile, die für den Bereich, in dem Bionano wichtig ist, nicht relevant sind. Also, wo steht Bionano jetzt? Zunächst einmal: Bionano sequenziert keine Genome. Ich lese das sehr oft, aber sie tun es einfach nicht. Bionano macht Markierungen von bestimmten (bekannten!) Sequenzen im Genom und nimmt anschließend ein Bild davon auf. Durch die relative Position dieser Markierungen können sie eine Gesamtstruktur der Chromosomen erstellen. Wenn also irgendwo eine Insertion oder Deletion vorliegt (z.B. bei Krebs oder einer anderen Krankheit, die sich in der DNA-Architektur manifestiert), wird eine der Markierungen verschoben und das wird erkannt. Dasselbe gilt für die Verschiebung bestimmter Sequenzen. Viele dieser genomischen Anomalien können auch mit "Long-Read-Sequenzierung" erkannt werden, aber Bionano kann mehr erkennen, ist billiger und schneller. Abschließend ist das Wichtigste zu sagen, dass Bionano nicht mit Illumina oder PacBio konkurriert. Sie sind auf die exakte Nukleotidsequenz des Genoms angewiesen, die mit, meist einer Mischung aus PacBio/nanopore und Illumina, erstellt wird. Die Assemblierung des Genoms kann dann mit Bionano unterstützt werden. Das größte Potenzial von Bionano liegt aber in der Diagnostik, wo es die traditionelle klinische Zytogenetik ersetzen kann, die kostspielig, zeitaufwendig und nicht sehr präzise ist. Wir sind auf dem Weg zu einer personalisierten Medizin in der Zukunft und meiner Meinung nach wird Bionano dabei eine Schlüsselrolle spielen, wenn es um Krankheiten geht, die mit Chromosomenanomalien zusammenhängen. Das wird in Zukunft ein riesiger Markt sein und deshalb investiere ich in BNGO...
Eines möchte ich noch hinzufügen: Die FDA-Zulassung ist für Bionano sekundär. Es kann immer noch verwendet werden. Sie können es immer noch als 'research use only' bezeichnen und es für die Diagnostik verwenden. Soweit ich weiß, hat PacBio keine FDA-Zulassung, ebenso wenig wie Illumnias größtes Gerät (NovaSeq). Nur 2 kleinere Sequenzer von $ilmn sind zugelassen.
Ich verstehe die technischen Aspekte nicht, ich habe noch einen langen Weg vor mir, aber ich habe viel über Genom-Mapping vs. Sequenzierung gelesen und beobachtet und kann verstehen, wo der Unterschied liegt und wie diese Technologie zusammen mit anderen verwendet werden kann, aber immer noch einen einzigartigen Aspekt hat, der in der Branche einzigartig ist.
Auch lese ich Simon Barnett von Ark invest Twitter in letzter Zeit und verstehen, dass FDA-Zulassung ist nicht zwingend für BNGO, um mehr Einheiten von Saphyr danke für die Bestätigung, dass zu verkaufen!
Übersetzt mit www.DeepL.com/Translator (kostenlose Version)